SEED自创建起，就积极探索与国内外社会创新领衔机构的合作与交流。
2012年，与哈佛豪泽非营利组织研究中心达成合作意向；
2012年8月，与友成基金会合作，举办友成新公益大学“猫头鹰远程班”；
2013年3月，与清华明德公益研究中心达成伙伴关系，6月合办创新论坛、8月在北京合办SEED中国班，2014年8月合办SEED中国班明德课堂；
2015年9月，与腾讯公益慈善基金会达成战略合作，为“1001创想计划”的优秀参与者举办2016 SEED Camp春季班；
2016年1月，与上海真爱梦想公益基金会达成战略合作，共同举办“梦想种子计划”；
同时，与中美知名社会创新领域机构保持良好互动关系，包括阿拉善基金会、Ashoka, Echoing Green, MIT D-Lab等等。
